一つのウィンドウでIEとDirectXアプリを表示する
http://forte.at.webry.info/200502/article_19.html
↑見てわかるとおり、Presentで二番目の引数を指定してやって、SwapEffectをD3DSWAPEFFECT_COPYにしてやることで、Direct3Dの画面を一部の領域に書き出すことが出来ます。
なので、画面右半分にIEコンポーネント、左半分をPresentでの領域に指定することで、IEとDirect3Dを同時に表示できるようです。